Doctorado en Biología Computacional

2024

A High-Resolution LED Stimulator for Steady-State Visual Stimulation: Customizable, Affordable, and Open Source

Otero, M., Prieur-Coloma, Y., El-Deredy, W. & Weinstein, A., 2024, En: Sensors. 24, 2, 678.

Producción científica: Contribución a una revista › Artículo › revisión exhaustiva

Acceso abierto

2023

Benefiting from the intrinsic role of epigenetics to predict patterns of CTCF binding

Villaman, C., Pollastri, G., Saez, M. & Martin, A. J. M., 2023, En: Computational and Structural Biotechnology Journal. 21, p. 3024-3031 8 p.

Producción científica: Contribución a una revista › Artículo › revisión exhaustiva

Acceso abierto

Corrigendum: Unraveling patient heterogeneity in complex diseases through individualized co-expression networks: a perspective(Front. Genet., (2023), 14, (1209416), 10.3389/fgene.2023.1209416)

Latapiat, V., Saez, M., Pedroso, I. & Martin, A. J. M., 2023, En: Frontiers in Genetics. 14, 1286081.

Producción científica: Contribución a una revista › Artículo › revisión exhaustiva

Acceso abierto

Desafíos de Integración Urbana en Chile: Segregación Residencial y el Rol del Capital Humano Avanzado bajo Influencias Neoliberales

Correa-Parra, J., Vergara-Perucich, F., Rodríguez-Valladares, N., Aguirre-Núñez, C. & Hidalgo-Dattwyler, R., 2023, En: Revista de Urbanismo. 49, p. 115-137 23 p.

Producción científica: Contribución a una revista › Artículo › revisión exhaustiva

Acceso abierto

Differentially Expressed Genes and Signaling Pathways Potentially Involved in Primary Resistance to Chemo-Immunotherapy in Advanced-Stage Gastric Cancer Patients

Pinto, M. P., Muñoz-Medel, M., Retamal, I. N., Bravo, M. L., Latapiat, V., Córdova-Delgado, M., Hill, C. N., Fernández, M. F., Sánchez, C., Sáez, M. A., Martin, A. J. M., Morales-Pison, S., Fernandez-Ramires, R., García-Bloj, B., Owen, G. I. & Garrido, M., 2023, En: International Journal of Molecular Sciences. 24, 1, 1.

Producción científica: Contribución a una revista › Artículo › revisión exhaustiva

Acceso abierto

3 Citas (Scopus)

Discovery of BbX transcription factor in the patagonian blennie: Exploring expression changes following combined bacterial and thermal stress exposure

Martínez, D., Nualart, D., Loncoman, C., Opazo, J. C., Zabala, K., Morera, F. J., Mardones, G. A. & Vargas-Chacoff, L., 2023, En: Developmental and Comparative Immunology. 149, 105056.

Producción científica: Contribución a una revista › Artículo › revisión exhaustiva

DIVA Meets EEG: Model Validation Using Formant-Shift Reflex

Cuadros, J., Z-Rivera, L., Castro, C., Whitaker, G., Otero, M., Weinstein, A., Martínez-Montes, E., Prado, P. & Zañartu, M., 2023, En: Applied Sciences. 13, 13, 7512.

Producción científica: Contribución a una revista › Artículo › revisión exhaustiva

Acceso abierto

Evolution of lysine-specific demethylase 1 and REST corepressor gene families and their molecular interaction

Olivares-Costa, M., Oyarzún, G. M., Verbel-Vergara, D., González, M. P., Arancibia, D., Andrés, M. E. & Opazo, J. C., 2023, En: Communications Biology. 6, 1, 1267.

Producción científica: Contribución a una revista › Artículo › revisión exhaustiva

Acceso abierto

Expression of KID syndromic mutation Cx26S17F produces hyperactive hemichannels in supporting cells of the organ of Corti

Abbott, A. C., García, I. E., Villanelo, F., Flores-Muñoz, C., Ceriani, R., Maripillán, J., Novoa-Molina, J., Figueroa-Cares, C., Pérez-Acle, T., Sáez, J. C., Sánchez, H. A. & Martínez, A. D., 2023, En: Frontiers in Cell and Developmental Biology. 10, 1071202.

Producción científica: Contribución a una revista › Artículo › revisión exhaustiva

Acceso abierto

2 Citas (Scopus)

First metagenomic analysis of the Andean condor (Vultur gryphus) gut microbiome reveals microbial diversity and wide resistome

Martinez-Hernandez, J. E., Berrios, P., Santibáñez, R., Astroz, Y. C., Sanchez, C., Martin, A. J. M. & Trombert, A. N., 2023, En: PeerJ. 11

Producción científica: Contribución a una revista › Artículo › revisión exhaustiva

Acceso abierto

3 Citas (Scopus)

Genomic insights into the mystery of mouse mummies on the summits of Atacama volcanoes

Storz, J. F., Liphardt, S., Quiroga-Carmona, M., Bautista, N. M., Opazo, J. C., Wheeler, T. B., D'Elía, G. & Good, J. M., 2023, En: Current Biology. 33, 20, p. R1040-R1042

Producción científica: Contribución a una revista › Artículo › revisión exhaustiva

Acceso abierto

1 Cita (Scopus)

GPR43 stimulation on TCRαβ⁺ intraepithelial colonic lymphocytes inhibits the recruitment of encephalitogenic T-cells into the central nervous system and attenuates the development of autoimmunity

Prado, C., Espinoza, A., Martínez-Hernández, J. E., Petrosino, J., Riquelme, E., Martin, A. J. M. & Pacheco, R., 2023, En: Journal of Neuroinflammation. 20, 1, 135.

Producción científica: Contribución a una revista › Artículo › revisión exhaustiva

Acceso abierto

3 Citas (Scopus)

Harmonized multi-metric and multi-centric assessment of EEG source space connectivity for dementia characterization

Prado, P., Mejía, J. A., Sainz-Ballesteros, A., Birba, A., Moguilner, S., Herzog, R., Otero, M., Cuadros, J., Z-Rivera, L., O'Byrne, D. F., Parra, M. & Ibáñez, A., 2023, En: Alzheimer's and Dementia: Diagnosis, Assessment and Disease Monitoring. 15, 3, p. e12455 e12455.

Producción científica: Contribución a una revista › Artículo › revisión exhaustiva

Acceso abierto

2 Citas (Scopus)

Influence of mobile genetic elements and insertion sequences in long- and short-term adaptive processes of Acidithiobacillus ferrooxidans strains

Moya-Beltrán, A., Gajdosik, M., Rojas-Villalobos, C., Beard, S., Mandl, M., Silva-García, D., Johnson, D. B., Ramirez, P., Quatrini, R. & Kucera, J., 2023, En: Scientific Reports. 13, 1, 10876.

Producción científica: Contribución a una revista › Artículo › revisión exhaustiva

Acceso abierto

3 Citas (Scopus)

In silico approaches to develop new phenyl-pyrimidines as glycogen synthase kinase 3 (GSK-3) inhibitors with halogen-bonding capabilities: 3D-QSAR CoMFA/CoMSIA, molecular docking and molecular dynamics studies

Cabezas, D., Mellado, G., Espinoza, N., Gárate, J. A., Morales, C., Castro-Alvarez, A., Matos, M. J., Mellado, M. & Mella, J., 2023, En: Journal of Biomolecular Structure and Dynamics. 41, 22, p. 13250-13259 10 p.

Producción científica: Contribución a una revista › Artículo › revisión exhaustiva

5 Citas (Scopus)

INVESTIFICATION IN THE HOUSING MARKET: EXPLORATORY STUDY IN SANTIAGO DE CHILE.

Título traducido de la contribución: INVESTIFICATION EN EL MERCADO DE LA VIVIENDA: ESTUDIO EXPLORATORIO EN SANTIAGO DE CHILE .Vergara-Perucich, J. F., Aguirre-Nuñez, C. & Marmolejo-Duarte, C., 2023, En: Urbano. 26, 48, p. 57-67 11 p.

Producción científica: Contribución a una revista › Artículo › revisión exhaustiva

Acceso abierto

Novel Microsynthesis of High-Yield Gold Nanoparticles to Accelerate Research in Biosensing and Other Bioapplications

Díaz García, V. M., Haensgen, A., Contreras Trigo, B., Oyarzún Cayo, P. A. & Inostroza Concha, M. L. L., 2023, En: Biosensors. 13, 12, p. 1-18 18 p., 992.

Producción científica: Contribución a una revista › Artículo › revisión exhaustiva

Acceso abierto

N-terminal region is responsible for mHv1 channel activity in MDSCs

Peña-Pichicoi, A., Fernández, M., Navarro-Quezada, N., Alvear-Arias, J. J., Carrillo, C. A., Carmona, E. M., Garate, J., Lopez-Rodriguez, A. M., Neely, A., Hernández-Ochoa, E. O. & González, C., 2023, En: Frontiers in Pharmacology. 14, 1265130.

Producción científica: Contribución a una revista › Artículo › revisión exhaustiva

Acceso abierto

Pangenome-level analysis of nucleoid-associated proteins in the Acidithiobacillia class: insights into their functional roles in mobile genetic elements biology

Beard, S., Moya-Beltrán, A., Silva-García, D., Valenzuela, C., Pérez-Acle, T., Loyola, A. & Quatrini, R., 2023, En: Frontiers in Microbiology. 14, 1271138.

Producción científica: Contribución a una revista › Artículo › revisión exhaustiva

Acceso abierto

1 Cita (Scopus)

Protein-Mediated Electroporation in a Cardiac Voltage-Sensing Domain Due to an nsPEF Stimulus

Ruiz-Fernández, A. R., Campos, L., Villanelo, F., Garate, J. A. & Perez-Acle, T., 2023, En: International Journal of Molecular Sciences. 24, 14, 11397.

Producción científica: Contribución a una revista › Artículo › revisión exhaustiva

Acceso abierto

Size Matters: Free-Energy Calculations of Amino Acid Adsorption over Pristine Graphene

Garate, J. A., 2023, En: Journal of Chemical Information and Modeling. 63, 21, p. 6642-6654 13 p.

Producción científica: Contribución a una revista › Artículo › revisión exhaustiva

The phylogeny of Acetobacteraceae : photosynthetic traits and deranged respiratory enzymes

Esposti, M. D., Guerrero, G., Rogel, M. A., Issotta, F., Rojas-Villalobos, C., Quatrini, R., Martinez-Romero, E. & Re, A. (ed.), 2023, En: Microbiology Spectrum. 11, 6

Producción científica: Contribución a una revista › Artículo › revisión exhaustiva

Acceso abierto

2 Citas (Scopus)

Transcriptional and Histone Acetylation Changes Associated with CRE Elements Expose Key Factors Governing the Regulatory Circuit in the Early Stage of Huntington’s Disease Models

Martin, A. J. M., 2023, En: International Journal of Molecular Sciences. 24, 13, 10848.

Producción científica: Contribución a una revista › Artículo › revisión exhaustiva

Acceso abierto

3 Citas (Scopus)

Transcriptional Signatures and Network-Based Approaches Identified Master Regulators Transcription Factors Involved in Experimental Periodontitis Pathogenesis

Vicencio, E., Nuñez-Belmar, J., Cardenas, J. P., Cortés, B. I., Martin, A. J. M., Maracaja-Coutinho, V., Rojas, A., Cafferata, E. A., González-Osuna, L., Vernal, R. & Cortez, C., 2023, En: International Journal of Molecular Sciences. 24, 19, 14835.

Producción científica: Contribución a una revista › Artículo › revisión exhaustiva

Acceso abierto

1 Cita (Scopus)

Unraveling patient heterogeneity in complex diseases through individualized co-expression networks: a perspective

Latapiat, V., Saez, M., Pedroso, I. & Martin, A. J. M., 2023, En: Frontiers in Genetics. 14, 1209416.

Producción científica: Contribución a una revista › Artículo › revisión exhaustiva

Acceso abierto

Whole-exome sequencing of oral epithelial dysplasia samples reveals an association with new genes

Adorno-Farias, D., Dos Santos, J. N., González-Arriagada, W., Tarquinio, S., Palominos, R. A. S., Martín, A. J. M. & Fernandez-Ramires, R., 2023, En: Brazilian Oral Research. 37, p. e016 e016.

Producción científica: Contribución a una revista › Artículo › revisión exhaustiva

Acceso abierto

1 Cita (Scopus)

2022

A Novel Preanalytical Strategy Enabling Application of a Colorimetric Nanoaptasensor for On-Site Detection of AFB1 in Cattle Feed

Contreras-Trigo, B., Díaz-García, V. & Oyarzún, P., 2022, En: Sensors. 22, 23, 9280.

Producción científica: Contribución a una revista › Artículo › revisión exhaustiva

Acceso abierto

2 Citas (Scopus)

Antibacterial Activity and Kinetic Release of Laureliopsis philippiana (Looser) Essential Oil from Nanostructured Porous Silicon with Surface-Functionalization Alternatives

Pérez-San Martín, A., Uribe, K., Hernández-Montelongo, J., Naveas, N., Manso-Silván, M., Oyarzún, P., Díaz-García, V., Contreras, B. & Recio-Sánchez, G., 2022, En: Applied Sciences (Switzerland). 12, 16, 8258.

Producción científica: Contribución a una revista › Artículo › revisión exhaustiva

Acceso abierto

1 Cita (Scopus)

A Simple Yet Effective Preanalytical Strategy Enabling the Application of Aptamer-Conjugated Gold Nanoparticles for the Colorimetric Detection of Antibiotic Residues in Raw Milk

Díaz-García, V., Contreras-Trigo, B., Rodríguez, C., Coelho, P. & Oyarzún, P., 2022, En: Sensors. 22, 3, 1281.

Producción científica: Contribución a una revista › Artículo › revisión exhaustiva

Acceso abierto

10 Citas (Scopus)

Hyperspectral Microscopy Technology to Detect Syrups Adulteration of Endemic Guindo Santo and Quillay Honey Using Machine-Learning Tools

Machuca, G., Staforelli, J., Rondanelli-Reyes, M., Garces, R., Contreras-Trigo, B., Tapia, J., Sanhueza, I., Jara, A., Lamas, I., Troncoso, J. M. & Coelho, P., 2022, En: Foods. 11, 23, 3868.

Producción científica: Contribución a una revista › Artículo › revisión exhaustiva

Acceso abierto

3 Citas (Scopus)

Nanosecond Pulsed Electric Field (nsPEF): Opening the Biotechnological Pandora’s Box

Ruiz-Fernández, A. R., Campos, L., Gutierrez-Maldonado, S. E., Núñez, G., Villanelo, F. & Perez-Acle, T., 2022, En: International Journal of Molecular Sciences. 23, 11, 6158.

Producción científica: Contribución a una revista › Artículo › revisión exhaustiva

Acceso abierto

15 Citas (Scopus)

Nanosecond pulsed electric field (nsPEF) and vaccines: a novel technique for the inactivation of SARS-CoV-2 and other viruses?

Ruiz-Fernández, A. R., Rosemblatt, M. & Perez-Acle, T., 2022, En: Annals of Medicine. 54, 1, p. 1749-1756 8 p.

Producción científica: Contribución a una revista › Artículo › revisión exhaustiva

Acceso abierto

5 Citas (Scopus)

Three-dimensional point spread function estimation method for mid-wave infrared microscope imaging

Jara, A., Torres, S. N., Machuca, G., Coelho, P. & Viafora, L. A., 2022, En: Applied Optics. 61, 28, p. 8467-8474 8 p.

Producción científica: Contribución a una revista › Artículo › revisión exhaustiva

Una visión actualizada sobre la síntesis, escalado y aplicaciones de las nanoemulsiones dobles

Oyarzún Cayo, P. A. & Silva Jerez, F., 2022, En: Entre Ciencia e Ingeniería. 15, 30, p. 30-40 11 p., 30.

Producción científica: Contribución a una revista › Artículo › revisión exhaustiva

Archivo

8 Descargas (Pure)

2021

A Proteome-Wide Immunoinformatics Tool to Accelerate T-Cell Epitope Discovery and Vaccine Design in the Context of Emerging Infectious Diseases: An Ethnicity-Oriented Approach

Oyarzun, P., Kashyap, M., Fica, V., Salas-Burgos, A., Gonzalez-Galarza, F. F., McCabe, A., Jones, A. R., Middleton, D. & Kobe, B., 2021, En: Frontiers in Immunology. 12, 598778.

Producción científica: Contribución a una revista › Artículo › revisión exhaustiva

Acceso abierto

14 Citas (Scopus)

A Reference-Free Image Index to Simultaneously Quantify Infrared-Imaging Fixed-Pattern-Noise and Blur Artifacts

Jara, A., MacHuca, G., Torres, S. N., Coelho, P. A. & Perez, F., 2021, En: IEEE Access. 9, p. 121593-121607 15 p., 9527210.

Producción científica: Contribución a una revista › Artículo › revisión exhaustiva

Acceso abierto

5 Citas (Scopus)

Correlated flickering of erythrocytes membrane observed with dual time resolved membrane fluctuation spectroscopy under different d-glucose concentrations

Tapia, J., Vera, N., Aguilar, J., González, M., Sánchez, S. A., Coelho, P., Saavedra, C. & Staforelli, J., 2021, En: Scientific Reports. 11, 1, 2429.

Producción científica: Contribución a una revista › Artículo › revisión exhaustiva

Acceso abierto

3 Citas (Scopus)

Exploring the conformational changes induced by nanosecond pulsed electric fields on the voltage sensing domain of a Ca²⁺ channel

Ruiz-Fernández, A. R., Campos, L., Villanelo, F., Gutiérrez-Maldonado, S. E. & Perez-Acle, T., 2021, En: Membranes. 11, 7, 473.

Producción científica: Contribución a una revista › Artículo › revisión exhaustiva

Acceso abierto

12 Citas (Scopus)

Genomic evolution of the class Acidithiobacillia: deep-branching Proteobacteria living in extreme acidic conditions

Moya-Beltrán, A., Beard, S., Rojas-Villalobos, C., Issotta, F., Gallardo, Y., Ulloa, R., Giaveno, A., Degli Esposti, M., Johnson, D. B. & Quatrini, R., 2021, En: ISME Journal. 15, 11, p. 3221-3238 18 p.

Producción científica: Contribución a una revista › Artículo › revisión exhaustiva

Acceso abierto

32 Citas (Scopus)

On the effectiveness of communication strategies as non-pharmaceutical interventions to tackle epidemics

Bernardin, A., Martínez, A. J. & Perez-Acle, T., 2021, En: PLoS ONE. 16, 10 October, e0257995.

Producción científica: Contribución a una revista › Artículo › revisión exhaustiva

Acceso abierto

1 Cita (Scopus)

Respiratory Heme A-Containing Oxidases Originated in the Ancestors of Iron-Oxidizing Bacteria

Degli Esposti, M., Moya-Beltrán, A., Quatrini, R. & Hederstedt, L., 2021, En: Frontiers in Microbiology. 12, 664216.

Producción científica: Contribución a una revista › Artículo › revisión exhaustiva

Acceso abierto

8 Citas (Scopus)

Simulations on simple models of connexin hemichannels indicate that ca²⁺ blocking is not a pure electrostatic effect

Villanelo, F., Carrasco, J., Jensen-Flores, J., Garate, J. A. & Perez-Acle, T., 2021, En: Membranes. 11, 5, 372.

Producción científica: Contribución a una revista › Artículo › revisión exhaustiva

Acceso abierto

2020

Accessing the Role of Trust Profiles for the Economic Growth of Societies: A Stochastic Rule-Based Simulation Using the Prisoner's Dilemma Game

Monares, P., Liu, J. H., Santibanez, R., Bernardin, A., Fuenzalida, I., Perez-Acle, T. & Zhang, R. J., 2020, En: IEEE Transactions on Computational Social Systems. 7, 4, p. 849-857 9 p., 9130852.

Producción científica: Contribución a una revista › Artículo › revisión exhaustiva

11 Citas (Scopus)

Acidiferrimicrobium australe gen. nov., sp. nov., an acidophilic and obligately heterotrophic, member of the actinobacteria that catalyses dissimilatory oxido-reduction of iron isolated from metal-rich acidic water in Chile

González, D., Huber, K. J., Tindall, B., Hedrich, S., Rojas-Villalobos, C., Quatrini, R., Alejandro Dinamarca, M., Ibacache-Quiroga, C., Schwarz, A., Canales, C. & Nancucheo, I., 2020, En: International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 70, 5, p. 3348-3354 7 p., 004179.

Producción científica: Contribución a una revista › Artículo › revisión exhaustiva

Acceso abierto

12 Citas (Scopus)

Acidithiobacillus ferrianus sp. nov. an ancestral extremely acidophilic and facultatively anaerobic chemolithoautotroph

Norris, P. R., Falagán, C., Moya-Beltrán, A., Castro, M., Quatrini, R. & Johnson, D. B., 2020, En: Extremophiles. 24, 2, p. 329-337 9 p.

Producción científica: Contribución a una revista › Artículo › revisión exhaustiva

Acceso abierto

26 Citas (Scopus)

An ecofriendly nanocomposite of bacterial cellulose and hydroxyapatite efficiently removes lead from water

Núñez, D., Cáceres, R., Ide, W., Varaprasad, K. & Oyarzún, P., 2020, En: International Journal of Biological Macromolecules. 165, p. 2711-2720 10 p.

Producción científica: Contribución a una revista › Artículo › revisión exhaustiva

29 Citas (Scopus)

Antibiotic copper oxide-curcumin nanomaterials for antibacterial applications

Varaprasad, K., López, M., Núñez, D., Jayaramudu, T., Sadiku, E. R., Karthikeyan, C. & Oyarzúnc, P., 2020, En: Journal of Molecular Liquids. 300, 112353.

Producción científica: Contribución a una revista › Artículo › revisión exhaustiva

55 Citas (Scopus)

Brief Comparison between Experimental and Computationally Generated Ensembles of RNA Dinucleotides

Poblete, S. & Pérez-Acle, T., 2020, En: Journal of Chemical Information and Modeling. 60, 2, p. 989-994 6 p.

Producción científica: Contribución a una revista › Artículo › revisión exhaustiva

1 Cita (Scopus)

JMJD1B, a novel player in histone H3 and H4 processing to ensure genome stability

Saavedra, F., Gurard-Levin, Z. A., Rojas-Villalobos, C., Vassias, I., Quatrini, R., Almouzni, G. & Loyola, A., 2020, En: Epigenetics & chromatin. 13, 1, 6.

Producción científica: Contribución a una revista › Artículo › revisión exhaustiva

Acceso abierto

10 Citas (Scopus)

L-DOPA modulates the kinetics but not the thermodynamic equilibrium of TTA⁺ amphiphiles forming lyotropic nematic liquid crystals

Ruiz-Fernández, Á. R., Villanelo, F., Gutierrez-Maldonado, S. E., Pareja-Barrueto, C., Weiss-López, B. E. & Perez-Acle, T., 2020, En: RSC Advances. 10, 26, p. 15366-15374 9 p.

Producción científica: Contribución a una revista › Artículo › revisión exhaustiva

Acceso abierto

Doctorado en Biología Computacional

Producción científica

Resultados de la búsqueda