La Facultad de Ciencias de la Naturaleza, constituida por las carreras de Medicina Veterinaria e Ingeniería en Gestión de Expediciones y Ecoturismo, tiene presencia en las sedes de Santiago, Concepción y de La Patagonia. 

La Escuela de Medicina Veterinaria, desarrolla investigación y actividades de vinculación con el medio en dos áreas principales:

• Investigación en enfermedades y conservación de fauna silvestre nativa bajo el enfoque “Una Salud”. Las actividades de investigación y vinculación con el medio se realizan asociadas a dos Centros de Rehabilitación de Fauna Silvestre (CEREFAS, en Concepción y La Patagonia) y también en base a estudios en poblaciones silvestres de vida libre. De aquí se derivan varias líneas de investigación que se vinculan con la docencia de pregrado en las áreas de ecología, enfermedades parasitarias, enfermedades infecciosas, conservación de la vida silvestre, epidemiología y salud pública y el diplomado en Manejo e Investigación de Fauna Silvestre. Así mismo, este conocimiento se vincula con la comunidad para que estos sean participantes activos en la prevención de enfermedades zoonóticas como también en la valoración de las especies silvestres.
• Investigación en relación a enfermedades endémicas que afectan a la acuicultura. Entre los ejes de trabajo se encuentra epidemiología molecular, patología, inmunología y la relación de la nutrición con el estatus sanitario de los cultivos. Estas líneas de investigación se vinculan con docencia de pregrado en las áreas de microbiología general (bacteriología, parasitología, inmunología, internado Laboratorio y patología de peces), así como diplomado en producción y salud de salmónidos.

La carrera de Ingeniería en Gestión de Expediciones y Ecoturismo realiza actividades de Vinculación con el medio asociadas al Programa Territorial Hito Más Turismo Sostenible, el que busca impulsar el desarrollo del turismo en Chile incorporando el equilibrio de las dimensiones económicas, sociales y ambientales. En este programa se realizan actividades que vinculan a la Universidad con instituciones públicas o privadas, comunidades locales y/o gremios. La investigación en la carrera se desarrolla en las áreas de: Patrimonio Cultural Material e Inmaterial, Patrimonio Natural y Recursos Naturales y Sustentabilidad y Planificación Turística. Las actividades de docencia se vinculan a la investigación y VcM mediante trabajos de titulación, en las asignaturas de: Orientación avanzada (cartografía y navegación satelital), Gestión del riesgo, rescate y legislación, Gestión de expediciones y orientación avanzada, Historia y relatos de Chile y sus pueblos, y Servicios de atención de excelencia para clientes.