Sus líneas de investigación son el estudio de la inmunología de peces, especialmente dilucidando los principales mecanismos intracelulares que son activados frente a patógenos bacterianos y virales, además posee líneas de investigación en especies Antárticas y su efecto frente al cambio climático, como también la búsqueda de nuevas herramientas biotecnológicas para la acuicultura

El Dr. Pontigo se tituló de Bioquímico en la Universidad Austral de Chile, posteriormente obtuvo su grado de doctor en Ciencias, con mención en Biología Celular y Molecular en la misma casa de estudios, realizando una estancia en España. Adquiriendo grandes herramientas en el área de inmunología, microbiología, epidemiologia de especies acuáticas. Luego realizó su post-doctorado identificando y dilucidando nuevos mecanismos inmunológicos que poseen los peces frente a patógenos virales y bacterianos. Hoy, se encuentra trabajando como investigador y docente en la Facultad de Ciencias de la Naturaleza en la Escuela de Medicina Veterinaria de la Universidad San Sebastián

Juan Pablo Pontigo se encuentra realizando docencia en la Facultad de Ciencias de la Naturaleza. Donde realiza clases de Inmunología y Microbiología para la carrera de Medicina Veterinaria, además de apoyar en Pasantías Intrahospitalarias de la misma carrera. Además ha apoyado en guiar diversas tesis de pregrado, magister y doctorado. Su experiencia en procesos inmunológicos de peces y los diversos patógenos que afectan a la acuicultura, es capaz extrapolar sus conocimientos a las futuras generaciones