Su investigación actual se centra en las células B de memoria autorreactivas anormalmente expandidas en enfermedades autoinmunes con el objetivo de comprender mejor los mecanismos subyacentes a la recurrencia de la enfermedad y cómo superar los fracasos terapéuticos. Su grupo tiene como objetivo caracterizar las células B de memoria residentes en tejidos en modelos de lupus eritematoso sistémico y su resistencia a la terapia de agotamiento de células B con Rituximab. Durante sus estudios doctorales, su grupo describió por primera vez un subconjunto único de células B de memoria y células plasmáticas ubicadas en el timo humano. Otro foco de atención de su equipo son los mecanismos subyacentes a la formación de células B de memoria en el timo.

La Dra. Núñez recibió su título de Ingeniera en Biotecnología Molecular de la Universidad de Chile. En 2017 completó su programa de Doctorado en Ciencias Biomédicas en la Universidad de Chile. Durante este período, también fue investigadora de posgrado en la Universidad de Columbia. Al completar su doctorado, comenzó una beca posdoctoral en el Centro Ciencia Vida financiada por una beca posdoctoral de la ANID. En diciembre de 2021 recibió una Beca ANID Iniciación para iniciar su labor como investigadora asociada en el Centro Ciencia y Vida y la Universidad San Sebastián. Actualmente ocupa el cargo de Investigadora Académica de la Facultad de Medicina y Ciencias.

El Dr. Núñez enseña Inmunología Básica en la Facultad de Medicina y Ciencias. También es coordinadora del curso de Formulación de Proyectos en la misma facultad, donde brinda experiencia de primera mano en proyectos de investigación y redacción científica para orientar el desarrollo de tesis de estudiantes de Tecnología Médica. Durante su carrera ha dirigido tesis de pregrado (2) y tesis de maestría (1).