Su investigación se centra en el estudio de la patología y epidemiología molecular de patógenos endémicos que afectan a la acuicultura, específicamente enfermedades virales. Actualmente unos de los proyectos en los cuales se está desempeñando es la Epidemiología Molecular del Virus de la Anemia Infecciosa del Salmón.

Marcos Godoy G. cuenta con una larga trayectoria en la industria acuicultora chilena, ha participado en equipos de diagnóstico, servicios, investigación y desarrollo en el area de salud de peces y moluscos de empresas y centros de investigación. Participó en el equipo de Fundación Chile, llegando a ser Gerente Técnico del equipo de Aqua Gestión cuando sale inicialmente como una empresa filial de servicios de esa institución. Posterior a esto se desempeño en Intervet Chile, como Gerente Técnico, siempre ligado a programas de Investigación y Desarrollo, ahora en el ámbito de las vacunas. Desde el 2007 es el Gerente Técnico de Biovac, en el cual se desempeña como parte de un equipo multidiciplinario en Laboratorios de Química Instrumental, Microbiología de alimento y Laboratorio de Diagnóstico de enfermedades de peces y Moluscos.Durante el 2007, junto a profesionales de Biovac, Marine Harvest y Sernapesca, entre otros lograron diagnosticar, aislar y carcaterizar por primera vez en Chile la Anemia Infecciosa del Salmon. En estos roles ha conocido en terreno los temas sanitarios de importancia para nuevas especies como abulones y peces planos y en los últimos años, muy especialmente de la salmonicultura donde ha trabajado para fortalecer el conocimiento, desarrollar redes y desde donde tiene una visión comprensiva de la situación sanitaria. Marcos Godoy G. es Biólogo Marino y Médico Veterinario de la Universidad Austral de Chile.

En la Facultad de Ciencias de la Naturaleza, imparte los ramos de Internado, Memoría de Título, Microbiología General, Pasantía Intrahospitalaria y Patología de Peces